萬源歷史悠久，夏商為梁州之域，周為雍州之地，秦屬巴郡宕渠縣。由漢到明，屬達州通川郡東鄉縣。明武宗正德十年（1515年）割東鄉縣之太平里設置太平縣，清道光時大略成現今之地域。民國三年（1914年）因與安徽省太平縣重名，即借“縣東北有萬頃池、鄰邑之水多源于此”之意，改名為萬源縣。1933年——1935年，紅四方面軍建立了川陜革命根據地，先后在縣內建立萬源、紅勝、城口三個縣蘇維埃政府。1935年2月紅軍撤離，國民黨政府恢復原縣建置。1949年12月29日萬源解放，隸屬川北行署達州專區，1952年歸屬四川省達縣專區。1993年7月由原萬源縣和白沙工農區合并建立萬源市。
